截至2014年9月，學(xué)校有32個(gè)碩士授權(quán)一級(jí)學(xué)科、14種專業(yè)學(xué)位授予 權(quán)、16個(gè)博士授權(quán)一級(jí)學(xué)科和15個(gè)博士后流動(dòng)站；學(xué)校還擁有作物學(xué)、農(nóng)業(yè)資源利用、植物保護(hù)和獸醫(yī)學(xué)等4個(gè)一級(jí)學(xué)科國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科，蔬菜學(xué)、農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)管理和土地資源管理等3個(gè)二級(jí)學(xué)科國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科，及食品科學(xué)國(guó)家重點(diǎn)培育學(xué)科，有8個(gè)學(xué)科進(jìn)入江蘇高校優(yōu)勢(shì)學(xué)科建設(shè)工程，農(nóng)業(yè)科學(xué)、植物與動(dòng)物學(xué)、環(huán)境生態(tài)學(xué)、生物與生物化學(xué)等4個(gè)學(xué)科領(lǐng)域進(jìn)入ESI學(xué)科排名全球前1%。

作物學(xué)、植物保護(hù)、農(nóng)業(yè)資源利用、園藝學(xué)、畜牧學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、食品科學(xué)與工程、公共管理、科學(xué)技術(shù)史、生物學(xué)、水產(chǎn)、農(nóng)業(yè)工程、動(dòng)物學(xué)、生態(tài)學(xué)、草學(xué)。

一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)：應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)、生物學(xué)、科學(xué)技術(shù)史、農(nóng)業(yè)工程、食品科學(xué)與工程、作物學(xué)、園藝學(xué)、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、植物保護(hù)、畜牧學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、水產(chǎn)、農(nóng)林經(jīng)濟(jì)管理、公共管理、草學(xué)、生態(tài)學(xué)。

一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)：哲學(xué)、理論經(jīng)濟(jì)學(xué)、社會(huì)學(xué)、外國(guó)語(yǔ)言文學(xué)、數(shù)學(xué)、化學(xué)、海洋科學(xué)、機(jī)械工程、計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)、輕工技術(shù)與工程、環(huán)境科學(xué)與工程、林學(xué)、中藥學(xué)、管理科學(xué)與工程、工商管理、圖書(shū)情報(bào)與檔案管理、風(fēng)景園林學(xué)、應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)、生物學(xué)、科學(xué)技術(shù)史、農(nóng)業(yè)工程、食品科學(xué)與工程、作物學(xué)、園藝學(xué)、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、植物保護(hù)、畜牧學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、水產(chǎn)、農(nóng)林經(jīng)濟(jì)管理、公共管理、草學(xué)、生態(tài)學(xué)。

物學(xué)、植物保護(hù)、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、獸醫(yī)學(xué)、食品科學(xué)與工程、農(nóng)林經(jīng)濟(jì)管理、現(xiàn)代園藝科學(xué)、農(nóng)業(yè)信息學(xué)。

國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科

一級(jí)學(xué)科國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科：作物學(xué)、植物保護(hù)、農(nóng)業(yè)資源利用、獸醫(yī)學(xué)

二級(jí)學(xué)科國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科：蔬菜學(xué)、農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)管理、土地資源管理

國(guó)家重點(diǎn)（培育）學(xué)科：食品科學(xué)

省級(jí)重點(diǎn)學(xué)科

十二五期間一級(jí)學(xué)科省重點(diǎn)學(xué)科：科學(xué)技術(shù)史、畜牧學(xué)、公共管理、生態(tài)學(xué)、草學(xué)

二級(jí)學(xué)科省重點(diǎn)學(xué)科：植物學(xué)、微生物學(xué)、科學(xué)技術(shù)史、食品科學(xué)、果樹(shù)學(xué)、植物營(yíng)養(yǎng)學(xué)、動(dòng)物營(yíng)養(yǎng)與飼料科學(xué)、基礎(chǔ)獸醫(yī)學(xué)、臨床獸醫(yī)學(xué)、土地資源與管理、生物信息學(xué)、農(nóng)村發(fā)展、植物檢疫與生物安全、農(nóng)業(yè)信息學(xué)。

在教育部第三輪全國(guó)高校學(xué)科評(píng)估中，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)共有12個(gè)學(xué)科參評(píng)，6個(gè)學(xué)科排在前5位，10個(gè)學(xué)科排在前10位，其中農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境排在第1位。