莊烈帝即位，王在晉進入朝廷擔任兵部尚書，對孫承宗痛恨不已，唆使尚書省一齊詆毀孫承宗，來阻止他出來做官。崇禎二年十月，大清兵進入大安口，攻取遵化，將迫近北京城。朝臣爭相請求召回孫承宗。下詔以原官職兼兵部尚書防守通州，仍舊進入朝廷朝見皇帝。

當初，右屯、大凌河二城池，孫承宗已派兵駐守。后來高第來代替他，全部撤走了。大清兵大部隊到來，將城重重包圍。孫承宗聽到后，派遣吳襄、宋偉前往救援。宋偉與吳襄的關系又不和睦，于是在長山被打得大敗。到了十月，城中糧食吃完了而援軍又毫無希望，守將祖大壽力量用盡出城投降，城池又一次被平毀。孫承宗又接連上疏稱病辭職。孫承宗在家居住七年，朝廷內外多次請求征召任用他，沒有回復。

崇禎十一年，大清兵深入內地。在十一月九日進攻高陽，孫承宗率領家族人抵抗。大清兵將要離開，圍繞著城墻大聲叫喊了三次，守城的人也回答了三次。說：“這是守城的人在嘲笑，按照法令應當攻破它。”又一次包圍了高陽城。第二天攻陷，孫承宗被捉。望著朝廷叩頭后，上吊自殺，終年七十六歲。